La population scolaire fontenaisienne avoisine les 6.000 élèves tous niveaux et filières confondus. En ce qui concerne les écoles maternelles et élémentaires, la Ville compte :
- 6 établissements publics :
Marceau Bretaud, Robert Bonnaud, Bouron/Massé, Les Jacobins, Les Cordeliers-Brissot, René Jaulin
- 4 écoles privées : La Foi, Sacré-Cœur, St Jean et St Vincent.
La Ville compte deux instituts médico-éducatifs sous gestion associative :
A cela, il faut ajouter 3 réseaux d’aides spécialisées aux élèves en difficulté (RASED) et un centre médico-scolaire.
Inscription dans les écoles maternelles et élémentaires
S'adresser à l'école de son choix. Pour les Fontenaisiens, l'inscription sera enregistrée par la direction de l'école en fonction des capacités d'accueil. Pour les parents n'habitant pas Fontenay-le-Comte, la direction de l'école remet une fiche de renseignements soumise à l'accord du maire de la commune de résidence. 
Contact : Direction affaires scolaires - 4, quai Victor Hugo – tél. 02.51.53.41.58 - du lundi au vendredi : de 8h à 12h et de 13h30 à 17h
Accueil périscolaire
Dans chaque école maternelle et élémentaire, un accueil périscolaire (centre de loisirs ou garderie) est mis en place ; vous pouvez confier vos enfants à des animatrices qui les accueillent avant et après la classe. Renseignement et inscription directement dans les écoles.
Restauration scolaire
Le service de restauration scolaire de la ville n'a pas pour seule vocation de "nourrir". Il privilégie l'acquisition des bons comportements alimentaires et la convivialité.
1 300 repas sont préparés par jour dont 1.100 pour les scolaires, soit 82 % des enfants scolarisés dans les écoles publiques et privées (St Vincent, Sacré Cœur et St Jean) de Fontenay-Le-Comte !
Deux grands axes qualifient le fonctionnement de ce service municipal :
La qualité
- qualité bactériologique avec la mise en place de la démarche qualité HACCP, démarche contrôlée par les services vétérinaires.
- qualité des matières premières avec un cahier des charges très exigeant : viande labellisée, farine pour le pain issue de l’agriculture raisonnée, demande de produit garantis sans O.G.M, traçabilité des produits
- qualité nutritionnelle avec des menus réalisés en respectant l’équilibre alimentaire et répondant aux besoins nutritionnels des enfants. Tous les groupes d’aliments indispensables au bon équilibre et à la croissance des enfants sont présents. Les menus sont conformes aux recommandations de la circulaire de l’écolier du 25 juin 2001 qui précise les modalités d’un repas servi en restauration scolaire et respectent le plan national nutrition santé (PNNS) prévention contre l’obésité infantile croissante.
L’éducation
- éducation du goût au travers des menus quotidiens où sont préservés les patrimoines local et national ainsi que l’apprentissage des différentes saveurs.
- apprentissage de la mastication, indispensable pour la croissance des enfants
- mise en place d’actions ponctuelles avec des menus à thèmes (1 par trimestre) et des semaines « temps fort » : découverte du pain, des épices, des légumes anciens…
- éducation à la citoyenneté par la découverte du plaisir de la table, du partage et de la convivialité grâce aux barquettes de 4 personnes
Dans chaque école il y a un restaurant scolaire composé d’un office de remise en température, d’une salle de restaurant avec tables de 4 ou 8 places et d’une équipe éducative municipale chargée de l’interclasse (1 adulte pour 12 enfants en classes maternelles et 1 adulte pour 25 enfants en classes élémentaires).
En cas d’incident ou d’accident un protocole d’appel d’urgence est mis en place dans chaque école ; un agent référent est à la disposition des familles pour répondre aux questions afférents à cet interclasse.
A chaque nouvelle inscription, il est remis gratuitement à chaque enfant une carte à puce (valable toute la scolarité maternelle et élémentaire) qui lui permet de valider chaque jour sa présence, sur les bornes installées dans les halls des écoles.
Comment connaître le prix du repas pour votre enfant ? les tarifs sont déterminés en fonction des ressources de la famille et du nombre d’enfants. Se présenter au Centre Communal d'Action Sociale de la mairie munis des 3 derniers bulletins de salaire ou notification ASSEDIC, de la feuille des prestations familiales en cours, de l'avis d'imposition ou de non imposition et d'un justificatif de pension alimentaire le cas échéant.
Enseignement public : écoles maternelles
3, rue du Fort St Nicolas
tél. 02 51 69 30 99
Ecole maternelle Marceau Bretaud
Rue de la Croix du Camp
tél. 02 51 69 23 61
Ecole maternelle Robert Bonnaud
21, rue Amand Bujard
tél. 02 51 69 20 72
Ecole maternelle Bouron Massé
55, avenue du Président Georges Pompidou
tél. 02 51 69 25 95
Ecole maternelle René Jaulin
Rue de la Villa Gallo Romaine
tél. 02 51 69 12 78
Enseignement public : écoles élémentaires
Ecole primaire Les Cordeliers (élémentaire +maternelle)
6, rue Collardeau
tél. 02 51 69 05 02
3, rue des Jacobins
tél : 02 51 69 06 21
Ecole élémentaire Bouron Massé
55, avenue du Président Georges Pompidou
tél. 02 51 69 21 61
Ecole élémentaire Marceau Bretaud
Rue de la Croix du Camp
tél. 02 51 69 21 64
Ecole élémentaire Robert Bonnaud
21, rue Amand Bujard
tél. 02 51 69 20 73
Ecole élémentaire René Jaulin
Rue de la Villa Gallo Romaine
tél. 02 51 69 28 37
Enseignement privé : écoles maternelles et élémentaires
Ecole maternelle Saint - Vincent
4, rue de la Commanderie
tél. 02 51 69 42 85
Ecole La Foi (maternelle et élémentaire)
3, rue Grissais
tél. 02 51 69 24 71
Ecole St-Jean (maternelle et élémentaire)
21, rue Saint-Nicolas
tél. 02 51 69 08 05
Ecole élémentaire du Sacré - Coeur
6, rue de la Commanderie
tél. 02 51 69 16 12
instituts médico-éducatifs
ARIA 85 - Institut médico-éducatif « les Trois Moulins »
allée Roger Guillemet- tél. 02 51 69 25 16
Les Papillons blancs - Institut médico-éducatif « le Gué Braud »
Rue des Gravants
tél. 02 51 69 40 19
Réseaux d’aides spécialisées aux élèves en difficulté (RASED)
Ecole Bouron Massé
55, avenue du Président Georges Pompidou
tél. 02 51 69 21 61
Ecole Marceau Bretaud
Rue de la Croix du Camp
tél. 02 51 69 21 64
Ecole Les Cordeliers
6, rue Collardeau
tél. 02 51 69 05 02